Antibiotic Resistance Phenotype of Escherichia Coli and Klebsiella Pneumoniae Strains Isolated in Bamako

Phénotype de Résistance aux Antibiotiques des Souches de Escherichia Coli et de Klebsiella Pneumoniae Isolées à Bamako

Abstract

RESUME
Introduction. La résistance aux antibiotiques constitue aujourd’hui l’une des plus graves menaces pesant sur la santé mondiale. L’objectif de cette étude était de déterminer les phénotypes de résistances des souches E. coli et de K. pneumoniae isolées de divers prélèvements pathologiques à Bamako. Méthodologie. Il s’est agi d’une étude prospective sur une période d’un an, portant sur les comptes rendus des demandes d’examens bactériologiques au laboratoire. Les méthodes standards de bactériologie ont été utilisées pour l’identification de nos souches sur la base des caractères morphologiques, biochimiques et culturaux. L’antibiogramme des souches isolées a été réalisé selon la méthode de diffusion en milieu gélosé Mueller Hinton avec des disques suivant les recommandations du CASFM/EUCAST. Résultats. Un total de 639 souches d’Entérobactéries, dont 449 souches de E. coli et 108 souches de K. pneumoniae ont été isolées au laboratoire. Ces souches ont été isolées majoritairement des urines et des pus. L’antibiogramme réalisé sur les souches isolées des patients hospitalisées et non hospitalisées montre que l’ensemble de nos souches étudiées chez exprimaient des phénotypes variables évoluant dans le même sens pour les antibiotiques des différentes familles d’antibiotiques testées. Il a révélé une proportion de bactéries productrices de de Céphalosporinase haut niveau variant entre 33,3 % et 70,8 %. La résistance à tous les aminosides testés variait entre 30,3 % et 50,0 %. La résistance aux quinolones dite de haut niveau de résistance qui associe une altération concomitante sur le gène gyrA et le gène parC a été observée dans une proportion élevée des entérobactéries isolées. Conclusion. Cette étude montre un niveau élevé de résistances acquises aux différentes familles d’antibiotiques due à la production de certaines enzymes par nos souches bactériennes étudiées. Ces résistances soulignent la nécessité d’adapter les schémas thérapeutiques à l’épidémiologie locale.
ABSTRACT
Introduction. Antibiotic resistance is one of the most serious threats to global health today. The aim of this study was to determine the resistance phenotypes of E. coli and K. pneumoniae strains isolated from various pathological samples in Bamako. Methodology. This was a prospective study over a period of one year, based on reports of requests for bacteriological examinations in the laboratory. Standard bacteriological methods were used to identify our strains on the basis of morphological, biochemical and cultural characteristics. Antibiograms of the isolated strains were performed using the Mueller Hinton agar diffusion method with discs in accordance with CASFM/EUCAST recommendations. Results. A total of 639 strains of Enterobacteriaceae, including 449 strains of E. coli and 108 strains of K. pneumoniae were isolated in the laboratory. Most of these strains were isolated from urine and pus. The antibiogram performed on the strains isolated from hospitalised and non-hospitalised patients showed that all of our strains expressed variable phenotypes that evolved in the same direction for the different families of antibiotics tested. It revealed a proportion of high-level cephalosporinase-producing bacteria ranging from 33.3% to 70.8%. Resistance to all the aminoglycosides tested ranged from 30.3% to 50.0%. High-level resistance to quinolones, which combines a concomitant alteration in the gyrA gene and the parC gene, was observed in a high proportion of the enterobacteria isolated. Conclusion. This study shows a high level of acquired resistance to different families of antibiotics due to the production of certain enzymes by the bacterial strains studied. These resistances highlight the need to adapt treatment regimens to local epidemiology.