Pathogenicity Factors And Antibiotic Resistance Of Escherichia Coli Strains Isolated From Diarrheal Children Aged 0 To 59 Months In Community Settings In Bamako: Facteurs de Pathogénicité et Résistance aux Antibiotiques des Souches d’Escherichia coli isolées chez les Enfants Diarrhéiques de 0 à 59 Mois en Milieu Communautaire à Bamako

Abstract

RÉSUMÉ
Contexte. La diarrhée demeure un problème de santé publique au Mali. Le but de ce travail était d’identifier les facteurs de pathogénicité et les gènes de résistance aux antibiotiques des souches d’Escherichia coli isolées chez les enfants diarrhéiques de moins de 5 ans. Matériels et Méthodes. L’étude a concerné les enfants âgés de 0 à 59 mois diarrhéiques reçus dans 4 centres de santé communautaires de Bamako. Une coproculture standard a été effectuée, suivie d’une recherche de gènes par PCR. Les gènes codant les adhésines (bfp, eae, ipah et eagg), les entérotoxines (slt1, slt2, lt et sta), la résistance aux bêta-lactamines (oxaA1, shv, tem), aux phénicolés (catA1), aux cyclines (Tet), aux quinolones (qnrA, qnrB, qnrS) et les intégrons de classe 1 (intl1), classe 2 (intl2) et classe 3 (intl3) ont été recherchés. Résultats. 120 patients des quatre centres communautaires ont été inclus ; le sexe masculin a été le plus représenté avec 62%, de même que la tranche d’âge de 7 à 12 mois. E. coli a été isolé dans 30,8% des cas. Les gènes de virulence les retrouvés étaient : slt1 (11), sta (16), bfp (7), eae (7) et ipaH (6). Les intégrons et gènes spécifiques de résistance aux antibiotiques les plus retrouvés étaient : int1 (14 cas), int3 (13), tet (25), shv (8), tem (15), et qnrS (11). Conclusion. Escherichia coli demeure fréquente chez les enfants diarrhéiques avec une production de toxine et une résistance aux antibiotiques usuels nécessitant une surveillance moléculaire renforcée.
ABSTRACT
Background. Diarrhea remains a public health problem in Mali. The aim of this work was to identify pathogenicity factors and antibiotic resistance genes of strains of Escherichia coli isolated in cases of diarrhea in children under 5 years. Material and method. The study involved children aged 0 to 59 months seen in 4 community health facilities. A standard coproculture was carried out followed by a conventionnal PCR. The genes encoding the adhesins (bfp, eae, ipah and eagg), the enterotoxins (slt1, slt2, lt and sta), the resistance to beta-lactams (oxaA1, shv, tem), to phenicols (catA1), to cyclins (Tet), to quinolones (qnrA, qnrB, qnrS), Class 1 (intl1), class 2 (intl2) and class 3 (intl3) integrons were searched. Results. 120 patients from 4 community health facilities were included; the male sex was the most represented with 62%, as well as the age group from 7 to 12 months. E. coli was isolated in 37 patients (30.8%). The most virulence genes found were: slt1 (11), sta (16), bfp (7), eae (7), ipaH (6). The most integrons and antibiotic resistance genes found were: int1 (14 cases), int3 (13), tet (25), shv (8), tem (15), qnrS (11). Conclusion. Escherichia coli remains common in children with diarrhea associated with toxin production and resistance to common antibiotics, requiring enhanced molecular surveillance.